Народився Яків Модестович Гаккель 12 травня 1874 в Іркутську, в сім'ї військового інженера.
У 1897 році закінчив Петербурзький Електротехнічний інститут, після чого відправився працювати до Сибіру (на Ленські копальні, поблизу м. Бодайбо).
У Сибіру Яків Модестович брав участь у добудові гідроелектростанції і прокладання від неї до копалень першої в Росії високовольтної лінії електропередачі.
У 1905 році Яків Модестович Гаккель повертається до Петербурга, де починає викладати в Електротехнічному інституті, одночасно беручи участь у проектуванні та будівництві електричного петербурзького трамвая.
У той же період Яків Модестович захоплюється літакобудуванням і в 1909 році починає будівлю першого літака за власним проектом, бере участь у створенні «Першого російського товариства повітроплавання».
Всього до 1924 року він спроектував близько півтора десятків літаків, десять з яких були побудовані, а п'ять чи шість змогли піднятися в повітря. Його аероплани різної конструкції (серед яких був перший в Росії літак-амфібія) брали участь у виставках, встановлювали рекорди, проте не будувалися промисловими серіями.
Відсутність заказовпрівело до того, що в 1912 році конструктор був змушений отказатьсяот активної діяльності в галузі авіації, хоча займався розробкою нових літаків і пізніше. Представлені ним на початку 1920-х років проекти не були реалізовані через брак коштів в умовах розрухи після громадянської війни.
У 1920-х роках Яків Модестович починає займатися тепловозобудуванням і 5 серпня 1924 на шляху Балтійського суднобудівного заводу виходить тепловоз Щел1, один з перших у світі тепловозів, побудований за його проектом.
У 1934 році сконструював паровий трактор, його парова установка використовувалася так само на річкових катерах.
З 1936 року Яків Модестович викладає в Ленінградському інституті інженерів залізничного транспорту.
Автор багатьох наукових праць і винаходів.
Помер Яків Модестович Гаккель 12 грудня 1945 в Ленінграді. Похований на Літераторських містках.
Син - Яків Якович Гаккель (1901-1965), видатний радянський океанограф, гідролог. Онук - Гаккель, Всеволод Якович (р. 1953), музикант, у 1975-1990 роках віолончеліст гурту «Акваріум».
Найбільш відомі розробки
Фюзеляжний біплан «Гаккель-III» з двигуном повітряного охолодження потужністю 35 л. с. 24 травня 1910 його 200-метровий політ був офіційно зафіксований, як один з перших польотів аероплана російської конструкції;
Одностоєчний біплан «Гаккель-IV» з двигуном потужністю 100 л. с.;
Перший в Росії гідролітак-амфібія «Гаккель-V» (1911 рік), на якому був встановлений встановив національний рекорд висоти того часу - 1350 метрів.
«Гаккель-VII» - 504 кг, двигун «Аргус» 80-100 л. с. У липні 1911-го року льотчик Г. В. Алехнович здійснив переліт на цьому літаку за маршрутом «Петербург - Царське Село - Петербург», зі швидкістю 92 км / год;
Біплан «Гаккель-VIII», на якому Алехнович було встановлено національний рекорд висоти того часу (1350 м);
Перший у світі підкісний моноплан «Гаккель-IX».
Щел1 - один з перших в світі тепловозів (1924 рік).
Нагороди та звання
Професор (1921), заслужений діяч науки і техніки РРФСР (1940), нагороджений орденом Трудового Червоного Прапора, медалями.
Іменем Гаккеля в 1988 році названа вулиця в Приморському районі Ленінграда - Гаккелевская. На будівлі Ленінградського інституту інженерів залізничного транспорту в його честь встановлено меморіальну дошку.