Заснування і розбудова
Обитель засновано 1051 р., за князя Ярослава Володимировича, ченцем Антонієм, як печерний монастир. Один із перших монастирів Русі, що поклав початок руському чернецтву. Співзасновником монастиря вважається один із перших учнів Антонія — Феодосій. У 1058 р., попросивши благословіння преподобного Антонія, преподобний Варлаам побудував над печерою дерев'яну церкву на честь Успіння Пресвятої Богородиці.
В XI ст. монастир став центром розповсюдження і затвердження християнства в Русі. У XII ст. отримав статус «лаври» — головного великого монастиря. У XVIII ст. Києво-Печерська лавра стала найбільшим церковним феодалом в Україні: їй належали 3 міста, 7 містечок, близько 200 сіл і хуторів, понад 70 тис. кріпаків, 2 паперові фабрики, 11 цегляних і 6 скляних заводів, більше 160 винокурень і вітряків, близько 200 шинків, 2 кінних заводи.
Києво-Печерській лаврі було підпорядковано багато дрібних монастирів і так звані пу́стині (зокрема Китаївська, Микільська та інші під Києвом) з їхніми угіддями і кріпаками в Україні, Росії, Білорусі. Києво-Печерська лавра відіграла важливу роль у розвитку давньоруської культури, була центром літописання. Тут перекладалися на церковнослов'янську мову і переписувалися твори іноземних авторів. У лаврі працювали відомі літописці Нестор (автор «Повісті минулих літ»), Нікон, Сильвестр. У XIII ст. було складено «Києво-Печерський патерик» — важливе джерело з історії Києва.
Упродовж 1592-1688 рр. монастир був ставропігією Константинопольського патріарха, із 1688 р — Московського патріарха, із 1786 р. — київського митрополита.
Радянські часи
Трагічні події після 1917 р. послужили поштовхом до тотального винищування православного духівництва і всього, що було зв'язано з церквою. 25 січня 1918 р. у стінах лаври закатовано митрополита київського й галицького Володимира, а в 1920 р. лавру закрили. 4 серпня 1929 р. комуністична влада завершила роботи з перетворення колишнього монастиря на Всеукраїнське музейне містечко, головне призначення якого – бути центром антирелігійної пропаганди в республіці. Перед Наркоматом внутрішніх справ УСРР порушено клопотання про негайне виселення з території містечка осіб духовного звання, котрі до цього часу в ньому проживали.
Під час Другої світової війни у 1941 р. радянські війська підірвали Свято-Успенський собор. За іншою версією, підрив було здійснено німецькою окупаційною владою під керівництвом райхскомісара України Еріха Коха. Про це у своїх мемуарах розповідають Альберт Шпеєр та інші діячі Третього Райху. У рамках нацистської ідеології підкорені народи не повинні були мати символічних культових споруд, які б зміцнювали їх ідентичність і прагнення до автономії. Існує професійна німецька фотохроніка вибуху. Під час окупації Києва монастир на деякий час було відкрито, але в 1961 р. знову закрито.
Відродження
Після вибуху храм був залишений у руїнах як свідчення злочинів нацистів. Не були здійснені плани відтворити його в початкових середньовічних формах до святкування 1000-річчя хрещення Русі. Чернецьке життя і богослужіння в Києво-Печерській лаврі відновлено з 1988 р. У 2000 р. відбудовано Свято-Успенський собор. Тільки 9 грудня 1995 р. Президент України Л. Кучма видав указ про відновлення Успенського собору. Храм відтворено поспіхом, практично за два роки, без серйозної наукової підготовки, із використанням сучасних матеріалів. Перед будівельниками стояла задача встигнути до 950-річчя лаври. Освячений 24 серпня 2000 р.
Сучасне життя
У червні 1988 р., у зв'язку зі святкуванням 1000-ліття хрещення Русі і постановою Ради Міністрів УССР, новоствореній печерській чернечій громаді була передана територія Дальніх печер.
Першим настоятелем новоствореної обителі став митрополит київський і всієї України Філарет (Денисенко), а намісником - архімандрит Іонафан (Єлецьких).
З 1992 р. настоятель (священноархімандрит) лаври - митрополит київський і всієї України Володимир (Сабодан), резиденція якого знаходиться на території монастиря.
C 1994 р. намісник лаври - архієпископ вишгородський Павло (Лебідь).
У 1990 р. лавру внесено до списку Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО.